Dans cet opus, chaque personnage peut apprendre jusqu'à 16 magies différentes sur un choix de 40 au total. Les magies consomment des MP (Magic Point) qui font leur apparition et qui sera repris dans tout le reste de la série, à quelques exceptions près. Leur apprentissage se fait par le biais de Tome que l'on peut acheter en ville ou bien trouver à la fin d'un combat. Vous pouvez organiser comme bon vous semble les magies mais pour qu'elles gagnent en puissance, il faut s'en servir et chaque magie possède 16 niveaux différents. Bien évidemment, plus le niveau est haut, plus la magie est puissante et plus vous consommez de MP. Cependant vous pouvez également "jeter" un sort que vous jugez inutile sur un personnage et lui mettre autre chose du coup. Voici donc la liste de toutes ces magies.

Version GBA