À ce qu'il semble, les développeurs ont introduit une claire référence à Final Fantasy : Crystal Chronicles pour Game cube. Dans le titre original, les joueurs devaient porter un cristal pour éviter d'être contaminé par une toxine qui était répandue par l'atmosphère. Eh bien, dans The Legend of Zelda : Tri Force Heroes, il possède une mécanique qui y ressemble.

De cette façon les trois joueurs devront rester ensemble et ne pas se séparer de l'orbe, s'ils veulent compléter la phase de cette manière. Comme récompense, les joueurs obtiendront des matériaux rares qui ne peuvent pas être obtenus autrement dans le jeu.